Музей был образован весной 1920 года приказом Музейного отдела Наркомпроса в стенах упраздненного к тому времени Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря для хранения и пропаганды его архитектурного и художественного наследия. В 1921 году наряду с музеем историко-художественного профиля в стенах Ново-Иерусалимского ансамбля был создан еще один музей – краеведческий, а 20 апреля 1922 года оба музея были объединены. С этого времени музей стал формироваться в двух направлениях – историко-художественном и краеведческом. Сначала музей подчинялся Наркомпросу, а с 1925 года – МОНО (Московский отдел народного образования).
Первая экспозиция музея была открыта в Трапезных палатах Ново-Иерусалимского монастыря в 1925 году. В дальнейшем она расширялась и совершенствовалась. В 1935 году музей в Истре получил статус Московского областного краеведческого музея и под таким названием просуществовал до 1991 года. Он обладал богатейшими историческими и художественными коллекциями, обширной экспозицией (42 зала) и считался показательным для музеев своего региона.
В начале Великой Отечественной войны лишь часть музейного собрания удалось эвакуировать в Алма-Ату, часть экспонатов была спрятана в тайниках, оборудованных сотрудниками музея, но большинство экспонатов оставлено в залах. За две недели немецкой оккупации Истры, музей был разграблен захватчиками. 10 декабря 1941 года отступавшие фашисты взорвали ансамбль Ново-Иерусалимского монастыря. При взрывах погибли оставшиеся неразграбленными фонды музея. Так как Новый Иерусалим лежал в руинах, музей временно пришлось перенести в Москву. Факты взрыва Нового Иерусалима и разорения музея фигурировали на Нюрнбергском процессе.
В послевоенный период Новый Иерусалим (монастырский ансамбль и музей) возрождались буквально из руин. И первые успехи восстановления дали возможность музею вернуться из Москвы на прежнее место в Истру. Его основой стали возвращенные из эвакуации музейные коллекции, а также, все то, что удалось спасти от уничтожения. К 1959 году были завершены работы по созданию первой послевоенной экспозиции в залах 1-го этажа Трапезных палат. 1960-е- начало 1980-х годов стали временем подлинного возрождения музея, его фондов и экспозиций, собирательской работы, целью которой было не только восстановление утраченных коллекций, но и приобретение новых.
В настоящее время собрание музея насчитывает более 190 тысяч единиц хранения. Это коллекции археологических и этнографических материалов, письменных источников и фотодокументов, рукописей и редких книг, нумизматики, оружия, русских и зарубежных изобразительных материалов разных эпох (иконописи, шитья, живописи, графики, декоративно-прикладного искусства ХVI-ХХI вв. и т.п.). По содержанию коллекции отражают историческое и культурное развитие Московского региона, как одного из ключевых регионов России, начиная с его заселения и до наших дней. В музейное собрание входят и уникальные реликвии, напрямую связанные с историей Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря и личностью его основателя – шестого патриарха Московского и всея Руси Никона (1605-1681).
В 1991 году музей поменял профиль и стал Историко-архитектурным и художественным музеем «Новый Иерусалим». С 1994 года музей сосуществовал с возрожденным Ново-Иерусалимским монастырем. В 2009 году Правительством Московской области было принято решение о выводе музея с территории Ново-Иерусалимского монастыря. В связи с этим встала необходимость в строительстве нового здания для музея. Проект музейного комплекса был разработан архитектором Валерием Лукомским. Стилистика зеленой архитектуры была выбрана неслучайно, основой проектного решения нового здания стала идея сохранения доминирующей роли ансамбля Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря – памятника архитектуры XVII–XIX веков.
В 2014 году музей переехал в новое, трехэтажное здание, расположенное на участке площадью 4,28 га и построенное в непосредственной близости от монастыря на противоположном берегу Истры. Это создало большие возможности для масштабной выставочной деятельности. Музей был переименован в Музейно-выставочный комплекс Московской области «Новый Иерусалим».
С декабря 2017 года в музее открыта постоянная экспозиция «Новый Иерусалим—памятник истории и культуры XVII–XX веков», которая развернулась на площади 1500 кв. м. и рассказывает о том, как задумывался и складывался образ Святых мест в Подмосковье, о роли Воскресенского Ново-Иерусалимского монастыря как памятника русского зодчества, русской истории и культуры, о личности патриарха Никона.
Важным направлением деятельности в музее «Новый Иерусалим» является налаживание взаимодействия с ведущими музеями России и других стран по подготовке совместных выставочных проектов. Музей «Новый Иерусалим» уже имеет опыт сотрудничества с Государственным музеем изобразительных искусств им. А. С. Пушкина, Государственным Русским музеем, Государственным Эрмитажем, Государственным музейно-выставочным центром РОСИЗО и другими музеями.
«Новый Иерусалим» неоднократно становился площадкой для проведения крупных межмузейных проектов. На протяжении 2016 и 2017 года здесь можно было увидеть работы Айвазовского, Шишкина, Левитана из коллекций разных музеев со всей России. В конце 2017 года состоялось открытие масштабной экспозиции «Пикассо. Художник и книга», которая представила книжную графику, а также эскизы театральных костюмов и декораций величайшего художника XX века Пабло Пикассо.
В 2018 году одним из важнейших проектов музея стала выставка произведений Бориса Кустодиева «Венец земного цвета» к 140-летию художника, которая была проведена при поддержке Русского музея и с участием 13 музеев России, ее посетило более 21 тысячи человек.
19 мая 2018 года в музее «Новый Иерусалим» совместно с Государственным музеем изобразительных искусств имени А.С. Пушкина открылась выставка работ крупнейшего представителя западноевропейского Ренессанса Альбрехта Дюрера, его предшественников и современников «Эпоха Дюрера. Немецкая графика и живопись конца XV – первой половины XVI века». В экспозицию вошли графические работы великого мастера – шедевры гравировального искусства, а также живописные произведения немецких мастеров из собрания ГМИИ и частных коллекций.
С декабря 2018 года по март 2019 год в Музее «Новый Иерусалим» работала масштабная выставка «Стиль Фаберже. Превосходство вне времени». В экспозиции выставки были представлены более 400 экспонатов, многие из которых никогда не демонстрировались широкой публике. Проект объединил произведения ювелирного дома Фаберже из коллекций российских и зарубежных музеев: Музея Фаберже в Баден-Бадене (Германия), Государственного Эрмитажа, Государственного музея-заповедника «Петергоф», Государственного исторического музея, Всероссийского музея декоративно-прикладного и народного искусства и Русского национального музея (Россия).
Крупным проектом музея, приуроченным к 90-летию Московской области, стала выставка «Цвет. 90 шедевров из музеев Подмосковья», которая проходила с сентября 2019 по март 2020 года. Экспозиция объединила знаковые произведения из 11 подмосковных музеев и галерей, созданные самыми известными российскими художниками XVIII–XX веков. Увидеть эти полотна в одном пространстве можно было впервые. Выставка представила работы Ивана Айвазовского, Давида Бурлюка, Виктора Васнецова, Василия Верещагина, Натальи Гончаровой, Константина Горбатова, Алексея и Константина Коровиных, Филиппа Малявина, Михаила Нестерова, Василия Поленова, Алексея Саврасова, Василия Сурикова, Роберта Фалька, Ивана Шишкина, Александры Экстер и многих других.
Еще одним международным проектом музея стала выставка «Шагал: между небом и землей», которая проходила с ноября 2019 года по март 2020 года. Уникальный проект представил 239 работ Марка Шагала, хранящихся в музеях и частных коллекциях трех стран — России, Франции и Беларуси. В одном пространстве можно было увидеть живопись, графику и гобелены художника. Работы для выставки предоставили Национальный центр искусства и культуры Жоржа Помпиду, Музей Марка Шагала в Витебске, Государственный музей изобразительных искусств имени А. С. Пушкина, Музей истории евреев в России, Национальный музей Марка Шагала в Ницце, Музей «Новый Иерусалим» и частные собрания. Экспозицию посетило более 100 тысяч человек.
В сентябре 2020 года в музее открылась выставка «Возвращение в усадьбу», которая продлилась до октября 2021 года. Экспозиция выставки впервые в столь крупном масштабе продемонстрировала разнообразные усадебные коллекции музея — живопись, графику, декоративно-прикладное искусство, архивные материалы — всего более 400 предметов из собственного музейного собрания и частных коллекций. Открытие выставки стало одним из ключевых событий в рамках юбилейного года музея «Новый Иерусалим», отметившего в 2020 году свое столетие.
C декабря 2020 по июнь 2021 года в музее проходила выставка «Младшие Брейгели и их эпоха. Нидерландская живопись золотого века из коллекции Валерии и Константина Мауергауз», которая представила произведения XVI–XVII веков одного из крупнейших частных собраний в России. Работы Брейгелей на выставке дополнили ряд произведений их современников — широко известных фламандских и голландских авторов. Всего в экспозиции было представлено 70 работ, большая часть из которых были показаны российской публике впервые. Этим масштабным проектом музей завершил год своего 100-летнего юбилея. За время работы выставки экспозицию успело увидеть почти 92 тысячи посетителей.
Выставка «Константин Горбатов. Приближая красоту», проходившая с июня по декабрь 2021 года, была приурочена к 145-летию мастера русского импрессионизма Константина Горбатова (1876—1945). Она не только впервые подробно показала творчество художника, на многие десятилетия вычеркнутое из истории русского искусства, но и дополнила картину художественной жизни России 1910-х годов, которая прежде всего ассоциируется с авангардом. Музей «Новый Иерусалим» является главным хранителем наследия Константина Горбатова в России — именно его собрание легло в основу масштабной трехчастной экспозиции. Всего на выставке было представлено 103 работы — это произведения из музея «Новый Иерусалим», Третьяковской галереи, Русского музея, Владимиро-Суздальского историко-архитектурного и художественного музея-заповедника, Театрального музея им. А. А. Бахрушина и других публичных и частных собраний.
Самым масштабным проектом за все годы существования музея «Новый Иерусалим» стала выставка «Азбука шедевра», которая проходила с декабря 2021 по июнь 2022 года. Выставочный проект объединил более 120 работ великих русских живописцев, среди которых — Карл Брюллов, Борис Кустодиев, Казимир Малевич, Василий Кандинский и многие другие. Проект представил весь спектр и богатство региональных музейных коллекций от Калининграда до Владивостока, почти в каждой из которых есть шедевры, неизвестные широкой публике. За время работы выставку увидело более 101 тысячи человек.
В 2019 году в музее открылась вторая часть постоянной экспозиции — Художественной галереи, которая представляет церковное искусство, русское искусство XVIII — начала XX века и искусство XX–ХХI века. Отдельный раздел экспозиции «Особая кладовая» включает предметы декоративно-прикладного искусства из драгоценных металлов XVI–XX веков: памятники русского и греческого лицевого и орнаментального шитья XVI–XVII веков, изделия русских и западноевропейских серебряников, произведения русских мастеров эмали и светского бытового серебра.
На базе музея «Новый Иерусалим» было создано специальное пространство для развития творческих способностей юных посетителей – Детского интерактивного центра «Экспонариум». Такая образовательная площадка открывает перед посетителями новые возможности для получения знаний и творческой реализации.
Наряду с ведущими европейскими площадками, Государственный историко-художественный музей «Новый Иерусалим» позволяет знакомиться с экспозициями в новом digital-пространстве. Они создаются на основе современных музейных технологий и представят посетителям широкие мультимедийные возможности: видеоинсталляции, интерактивные столы и киоски с тематическим контентом, голографические витрины и технологии дополненной реальности.
