Коллекция изразцов в настоящем виде сформирована научным сотрудником музея Натальей Михайловной Савко (1947–1995) в 1970–1980-х годах, когда изразцы были выделены в отдельный фонд. Она состоит из двух частей и включает в себя печные изразцы и архитектурную керамику. Печные изразцы, частично происходит из довоенного собрания музея и представляет собой образцы московской печной керамики XVII века. В период с середины 1970-х годов и до конца 1980-х эта часть фонда пополнялась изразцами, найденными на территории ансамбля Ново-Иерусалимского монастыря и районе Скита патриарха Никона в процессе реставрационных работ. В 1982 году в музей поступили уникальные экспонаты, полученные в результате археологических раскопок, проведенных сотрудниками музея на территории г. Истры на месте керамической мастерской первой трети XVIII века.
Значительная часть коллекции печной керамики XVIII — начала XIX века составляют расписные изразцы вполне типичные для своего времени. Ценность этой части собрания состоит в том, что многие изразцы происходят из памятников архитектуры Московской области и могут служить основой для реконструкции утраченных печей. В 1986 году коллекция пополнилась печным набором из белых рельефных изразцов, изготовленных на заводах Кузнецова в начале XX века. В целом эта часть собрания дает возможность проследить процесс развития печной керамики в России на протяжении трех веков.
Архитектурная керамика в собрании музея главным образом представлена изразцами из декора Воскресенского собора Ново-Иерусалимского монастыря. Керамическое убранство Воскресенского собора занимает центральное место в истории русской архитектурной керамики. Многие композиции, созданные мастерами Нового Иерусалима, абсолютно уникальны и не имеет аналогий. В 1941 году Воскресенский собор был взорван немецко-фашистскими захватчиками, и значительная часть его, не имеющего себе равных керамического декора XVII века, была уничтожена. Из завалов было извлечено множество керамических фрагментов и наиболее сохранившиеся из них, имеющие экспозиционный вид, записаны в фонд музея. Так же в фонд были записаны фрагменты полностью утраченных изразцовых композиций, прежде всего фрагменты декора погибших Большой главы собора и верхних ярусов колокольни. Эти фрагменты бесценны с научной точки зрения и позволили реконструировать утраченный декор.
Фонд архитектурной керамики дополняют отдельные изразцы, изъятые реставраторами из ряда памятников архитектуры Московской области, подарки частных лиц и изразцы-новоделы.
